Stroomgebied van de Vledder en Wapserveensche Aa
Het watersysteem van de Vledder en Wapserveensche Aa biedt unieke kansen voor de ontwikkeling van natuurwaarden, zowel in de natuurgebieden als daarbuiten. Doordat het watersysteem begint in het Drents-Friese Wold, worden de stroomkarakteristieken en waterkwaliteit van de beeklopen in het bovenstroomse gebied nauwelijks beïnvloed door landbouw. Samen met de uitgestrekte bossen en heiden daaromheen schept dat gunstige omstandigheden waarin veel verschillende soorten gedijen. De bovenloop van de Vledder Aa is weer ingericht als natuurlijke beek die vrij door bos en hei stroomt. Voor de oostelijke zijtak (Tilgrup) zijn plannen voor een meer natuurlijke inrichting ver gevorderd.
Het Drents-Friese Wold bestaat naast de open, natte heide van het Doldersummer- en Wapserveld (met onder meer duizenden Klokjesgentianen) vooral uit uitgestrekte bossen waarin kleine heideterreinen, vennen en veentjes liggen. Kenmerkend voor het gebied is de grote oppervlakte kraaihei-dennenbos op voormalig stuifzand. Dit bos is vanaf eind negentiende eeuw aangeplant; het overige bos dateert van de jaren twintig en dertig van de twintigste eeuw. In deze lichte naaldbossen heeft zich plaatselijk Drienervige zegge gevestigd, een van de weinige binnenlandse groeiplaatsen van deze zeldzame soort. Verscheidene vennetjes en veentjes in het Drents-Friese Wold zijn bijzonder waardevol, onder meer vanwege het vorkomen van zeldzame waterplanten als Waterlobelia (Ganzenpoel) en Drijvende egelskop (Grenspoel).
De Wapserveensche Aa wordt gevoed door de bovenloopjes Kwasloot, Slingegruppe en Zekte. De waterhuishouding is hier wel sterk aangepast aan de behoeften van de landbouw. Stroompatronen en waterkwaliteit wijken af van het oorspronkelijke beeksysteem. Kwel doet nog wel zijn invloed gelden op de soortensamenstelling in en langs de sloten in het landbouwgebied, zoals blijkt uit het voorkomen van Gewone dotterbloem, Noordse zegge, Waterviolier en Snavelzegge.Verder stroomafwaarts hebben veel gronden een natuurbestemming. Rond het punt waar de Wapserveensche Aa en de Vledder Aa samenkomen liggen restanten van petgatencomplexen, waarvan de Wapserveense petgatende grootste en belangrijkste zijn. Hier komt Brede orchis voor en broedt sinds enkele jaren een paar Wilde zwanen, tot nu toe het enige in Nederland. Het is een geschikt leefgebied voor de Otter, gezien de sporen die van doortrekkende exemplaren zijn aangetroffen. De aangrenzende Polder ten Cateheeft geen landbouwfunctie meer en is nu in beheer bij Staatbosbeheer. Er zijn nieuwe petgaten gegraven en de graslanden worden soortenrijker.
Westelijk van de Van Helomaweg is de waterhuishouding geheel op de landbouw afgestemd. Natuur heeft hier minder ruimte. In de sloten zijn hier en daar nog wel karakteristieke beekdalsoorten te vinden zoals Paddenrus, Tweerijige zegge en Holpijp. De Weidebeekjuffer vliegt ook hier langs de oevers van de Wapserveensche Aa. In de beek komen waterplanten voor die duiden op het benedenstroomse karakter, zoals Gele plomp, Watergentiaan en grote fonteinkruiden. Door de intensieve landbouw komen nog maar weinig weidevogels voor.